Η έρευνα και οι δράσεις περιβαλλοντικής προστασίας του Αρχιπελάγους, είναι πολυεπίπεδες, καλύπτοντας ένα ευρύ φάσμα δραστηριοτήτων, από την έρευνα της αλιείας και των θαλάσσιων θηλαστικών, έως τη δενδρολογική έρευνα, τις εργαστηριακές αναλύσεις ρύπανσης και το πολλαπλασιασμό τοπικών ποικιλιών σπόρων. Η εθελοντική προσφορά επιστημόνων με πραγματική συνείδηση για την προστασία του περιβάλλοντος και η συνεργασία με πανεπιστήμια της Ελλάδας και του εξωτερικού έχουν συμβάλλει τα μέγιστα στο έργο του Αρχιπελάγους.
Ελλάδα
| Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο, Σχολή Χημικών Μηχανικών, Εργαστήριο Ανόργανης & Αναλυτικής Χημείας |
| Πανεπιστήμιο Αθηνών, Τμήμα Φαρμακευτικής, Εργαστήριο Φαρμακογνωσίας & Χημείας Φυσικών Προϊόντων |
| Πανεπιστήμιο Πειραιώς, Τμήμα Ναυτιλιακών Σπουδών |
| Πανεπιστήμιο Πειραιώς, Τμήμα Πληροφορικής |
| Δημοκρίτειο Πανεπιστήμιο Θράκης, Τμήμα Μηχανικών Περιβάλλοντος |
| Εθνικό Ίδρυμα Αγροτικής Έρευνας, Κέντρο Γεωργικής Έρευνας Βόρειας Ελλάδας, Τράπεζα Γενετικού Υλικού |
| Εθνικό Ίδρυμα Αγροτικής Έρευνας, Ινστιτούτο Δασικών Ερευνών, Εργαστήριο Εντομολογίας |
| Εθνικό Αστεροσκοπείο Αθηνών, Ινστιτούτο Ερευνών Περιβάλλοντος & Βιώσιμης Ανάπτυξης |
Εξωτερικό
| Πανεπιστήμιο Essex, Βρετανίας, Τμήμα Βιολογίας, Κέντρο Θαλάσσιων Επιστημών |
| Πανεπιστήμιο Cardiff, Ουαλίας, Τμήμα Θαλάσσιας Γεωγραφίας |
| Πανεπιστήμιο Columbia, Η.Π.Α, Νομική Σχολή |
| Πανεπιστήμιο Μάλτας, Τμήμα Θαλάσσιας Βιολογίας |
| Πανεπιστήμιο Puerto Rico-Mayaguez, Τμήμα Θαλάσσιων Επιστημών |
| Ίδρυμα Θαλάσσιων Ερευνών Τουρκίας |
| Πανεπιστήμιο Cukurova, Τουρκίας, Τμήμα Βιολογίας – Βοτανικής |
| Πανεπιστήμιο Canakkale, Τουρκίας, Τμήμα Αλιείας |
| Πανεπιστήμιο Oradea, Ρουμανίας, Τομέας Περιβαλλοντικής Προστασίας , Τμήμα Γεωργίας - Φυτοκομίας |
| Planetek, Ιταλία, Εταιρεία Περιβαλλοντικών Εφαρμογών Δορυφορικής Τεχνολογίας |
| Shark Alliance – Διεθνές Δίκτυο για την προστασία των Καρχαριών |
| Oceans2012 – Πανευρωπαικό Δίκτυο για την Αειφορία της Ευρωπαικής Αλιείας |