Το εργαστήριο του Αρχιπελάγους πραγματοποιεί αναλύσεις της ποιότητας των πόσιμων και θαλασσινών νερών, καθορίζοντας την περιεκτικότητα σε μικρόβια, θρεπτικά συστατικά και σε άλλες χημικές ουσίες. Ο στόχος είναι να αξιολογηθεί η ποιότητα των υδάτων κολύμβησης και πόσιμου νερού, με σκοπό την προστασία της ανθρώπινης υγείας και του περιβάλλοντος. Στις περιπτώσεις όπου εντοπίζονται πηγές μόλυνσης ή ρύπανσης το Αρχιπέλαγος ενημερώνει και συνεργάζεται με τις αρμόδιες αρχές (τοπικές, εθνικές ή ευρωπαϊκές ανάλογα με την περίπτωση) για την ανάπτυξη και την εφαρμογή των κατάλληλων μέτρων, καθώς και για την ενημέρωση των τοπικών κοινωνιών.
Πόσιμο νερό και υπόγεια ύδατα
Το Αρχιπέλαγος προσφέρει αναλύσεις πόσιμου νερού σε διάφορα νησιά του Αιγαίου, δίνοντας έμφαση στα νησιά όπου δεν υπάρχει τακτική παρακολούθηση από τις αρμόδιες αρχές. Στις περισσότερες περιοχές το πόσιμο νερό προέρχεται από πολλές διαφορετικές πηγές, και ως εκ τούτου καθίσταται δύσκολη η ανίχνευση πιθανής επιμόλυνσης ή ρύπανσης, που μπορεί να προέρχεται είτε από ανθρωπογενείς δραστηριότητες, ή από τη φυσική διάβρωση των πετρωμάτων, (π.χ. η φυσική διάβρωση ορισμένων τύπων μαγματικών ή ιζηματογενών πετρωμάτων μπορεί να απελευθερώσει αρσενικό στο νερό, θέτοντας σε κίνδυνο την ανθρώπινη υγεία). Στις μικρές νησίδες και νησιά του Αιγαίου, όπου οι υδάτινοι πόροι είναι περιορισμένοι, το νερό μεταφέρεται με πλοία-υδροφόρες. Η ποιότητα του νερού αλλάζει με κάθε φορτίο δημιουργώντας ανασφάλεια στις τοπικές κοινωνίες, οι οποίες στρέφονται προς την κατανάλωση εμφιαλωμένου νερού. Η συγκεκριμένη επιλογή πέραν του ότι συμβάλει στη συσσώρευση πλαστικών ρύπων, υποχρεώνει τους κατοίκους να καταβάλουν σημαντικά ποσά για την απόκτηση ενός αναγκαίου και φυσικού αγαθού, το οποίο καταλήγει να είναι ένα αμφιβόλου ποιότητας εμφιαλωμένο νερό ( δεδομένου ότι μεταφέρεται εκτεθειμένο, ιδίως τους θερινούς μήνες, σε ιδιαίτερα υψηλές θερμοκρασίες).
Ύδατα κολύμβησης
Η ποιότητα των θαλασσινών νερών και των υδάτων κολύμβησης αξιολογείται τακτικά σε διάφορες περιοχές των ελληνικών θαλασσών. Σε μεγάλο μέρος της ελληνικής ακτογραμμής οι αναλύσεις της ποιότητας των θαλασσινών υδάτων δεν υλοποιούνται από τις αρμόδιες αρχές ενώ ακόμα και όταν γίνονται, τα αποτελέσματα δεν γνωστοποιούνται στις τοπικές κοινωνίες και τους επισκέπτες. Το εργαστήριο του Αρχιπελάγους παρέχει δεδομένα για την ποιότητα των θαλασσινών νερών και των νερών κολύμβησης, με τα οποία ενημερώνει τις τοπικές αρχές, κοινωνίες και τους επισκέπτες για το κατά πόσο τα νερά κολύμβησης είναι ασφαλή για αυτούς και τα παιδιά τους.

Το εργαστήριο του Αρχιπελάγους πραγματοποιεί αναλύσεις νερού για τις παρακάτω παραμέτρους:
a. Χημικές παράμετροι: Αρσενικό, Σκληρότητα Μαγνησίου, Σκληρότητα Ασβεστίου, Ιώδιο, Ελεύθερο και Ολικό Χλώριο, Διαλυμένο Οξυγόνο, Σίδηρο, Χαλκό, Αμμωνία, Φωσφορικό Άλας, Φώσφορο, Νιτρικά, Νιτρώδη, Μαγγάνιο, Αλουμίνιο, Βρώμιο, Διοξείδιο του Χλωρίου, Χρώμιο, Κυανίδιο, Κυανικό Οξύ, Φθόριο, Υδραζίνη, Μολυβδαίνιο, Νικέλιο, Πυρίτιο, Άργυρο, και Ψευδάργυρο.
b. Μικροβιολογικοί παράμετροι: Ολικά κολοβακτηρίδια, E. coli και Εντερόκοκκοι
Μέθοδοι
Στο εργαστήριο του Αρχιπελάγους, οι χημικές αναλύσεις νερού πραγματοποιούνται με χρήση φωτομετρικής μεθόδου (certification ISO 9001: 2000) και του Ψηφιακού Ανιχνευτή Αρσενικού (certification ISO 9001: 2000). Οι μικροβιολογικές αναλύσεις πραγματοποιούνται με IDEXX Colilert-18/ Quanti-Tray®: ISO 9308-3 (E. coli).