Η έρευνα του Αρχιπελάγους για τα υπολείμματα φυτοφαρμάκων στοχεύει στην εκτίμηση και καταγραφή των επιπτώσεων που προκαλεί η χρήση, και κυρίως η κατάχρηση χημικών φυτοφαρμάκων και λιπασμάτων στη δημόσια υγεία και τα οικοσυστήματα. Τα αποτελέσματα των αναλύσεων αξιοποιούνται σε καμπάνιες ενημέρωσης στις τοπικές κοινωνίες του Αιγαίου, με στόχο να ενθαρρύνουμε τους αγρότες να επιλέγουν παραδοσιακές-βιολογικές πρακτικές καλλιέργειες αντί επικίνδυνων χημικών ουσιών. Παράλληλα ενθαρρύνουμε τους καταναλωτές να απαιτούν ασφαλή προϊόντα από τους παραγωγούς και τους εμπόρους.

Η εργαστηριακή ομάδα του Αρχιπελάγους συλλέγει δείγματα από ελαιώνες, αμπελώνες, περιβόλια και θερμοκήπια. Τα δείγματα συλλέγονται και αναλύονται από τους κύριους καρπούς (π.χ σταφύλια, ελιές) τα προϊόντα (κρασί, λάδι) καθώς και τη γύρω βλάστηση και το έδαφος. Τα δείγματα αποστέλλονται στη συνέχεια στο Πανεπιστήμιο Αθηνών, στο Τμήμα Αναλυτικής Χημείας, καθώς και στο Πανεπιστήμιο Oradea Ρουμανίας, στο Τμήμα Προστασίας Περιβάλλοντος, όπου και αναλύονται για την περιεκτικότητά τους σε υπολείμματα φυτοφαρμάκων.
Στα ελληνικά νησιά, η παραδοσιακή γεωργία είχε ανέκαθεν τη βάση της στην εφαρμογή βιολογικών πρακτικών ενώ η χρήση των χημικών φυτοφαρμάκων και λιπασμάτων εισήχθη μόλις πριν από μερικές δεκαετίες. Στα μικρότερα νησιά, όπως η Ικαρία και οι Λειψοί, η χρήση των χημικών ουσιών εμφανίζεται περιορισμένη, καθώς η πλειοψηφία των αγροτών καλλιεργούν πρωτίστως για την κάλυψη των προσωπικών τους αναγκών και σε μικρότερη κλίμακα για εμπορικούς σκοπούς. Αντιθέτως, στα μεγαλύτερα νησιά, όπως η Κρήτη και η Σάμος, το πρόβλημα της εκτεταμένης χρήσης των φυτοφαρμάκων είναι πολύ σοβαρό, καθώς τα επίπεδα εμφανίζονται συχνά πολύ υψηλότερα από τα όρια ασφαλείας - εκθέτοντας τους αγρότες, τους καταναλωτές και το φυσικό περιβάλλον σε πολλαπλούς κινδύνους.
Ωστόσο, τα τελευταία χρόνια παρατηρείται στα νησιά μια αργή αλλά σταθερή μετατόπιση από ένα μικρό ποσοστό αγροτών προς τις βιολογικές και παραδοσιακές πρακτικές καλλιέργειας.
ΦΥΤΟΦΑΡΜΑΚΑ ΠΟΥ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΟΥΝΤΑΙ ΣΤΑ ΝΗΣΙΑ
Σύμφωνα με έρευνα του Αρχιπελάγους στα νησιά χρησιμοποιούνται 36 δραστικές ουσίες φυτοφαρμάκων, 22 μυκητοκτόνων, 16 ζιζανιοκτόνων και 4 ρυθμιστικών ουσιών.

Η πλειοψηφία αυτών των φυτοφαρμάκων και ζιζανιοκτόνων είναι τοξικά για τον άνθρωπο, καθώς επίσης για τα θηλαστικά, τα πουλιά, τα έντομα και τους θαλάσσιους οργανισμούς, προκαλώντας σοβαρά προβλήματα υγείας ή ακόμα και θάνατο. Ανεξάρτητες μελέτες έχουν δείξει ότι μπορεί να προκαλέσουν καρκινογενέσεις, τερατογενέσεις ή επιπλοκές στην αναπαραγωγή. Οι τοξικές χημικές ουσίες που περιέχονται σε αυτά, αναπόφευκτα συσσωρεύονται στην τροφική αλυσίδα, στα φυτά και το έδαφος, κι έτσι διαχέονται σε μεγάλες αποστάσεις από το σημείο που είχαν χρησιμοποιηθεί.
Τα συνήθη συμπτώματα των φυτοφαρμάκων, μυκητοκτόνων και ζιζανιοκτόνων στον άνθρωπο περιλαμβάνουν: ερεθισμό στο δέρμα και τα μάτια, πονοκεφάλους, αναπνευστικά προβλήματα, αλλαγές στις διατροφικές συνήθειες, ανορεξία, διάρροια, εμετό, ναυτία, κατάθλιψη, απώλεια μνήμης και συγκέντρωσης, νευρικό ενθουσιασμό, τρέμουλο, σπασμούς, γενετικές ανωμαλίες και καθυστέρηση ανάπτυξης του εμβρύου, νόσο του Πάρκινσον, ακόμα και θάνατο. Έχει επίσης αποδειχθεί ότι προσβάλλουν το αναπαραγωγικό σύστημα, κυρίως των γυναικών, και είναι ιδιαίτερα επικίνδυνα στις έγκυες. Τα συμπτώματα εμφανίζονται σε μεγάλο βαθμό στους αγρότες που κάνουν υπερβολική χρήση φυτοφαρμάκων, ιδιαίτερα όταν δεν λαμβάνονται τα απαραίτητα μέτρα προστασίας.
ΜΙΚΡΟΒΙΑΚΗ ΜΟΛΥΝΣΗ ΑΓΡΟΤΙΚΩΝ ΠΡΟΙΟΝΤΩΝ
Το εργαστήριο του Αρχιπελάγους μπορεί επίσης να εξετάσει την πιθανή μόλυνση από κολοβακτηρίδια E.coli σε νωπά λαχανικά και φρούτα. Το συγκεκριμένο βακτήριο αποτελεί δείκτη περιττωματικής μόλυνσης και αυτές οι αναλύσεις πραγματοποιούνται με σκοπό να διερευνηθεί, κατά πόσον τηρούνται οι κανόνες υγιεινής στα τρόφιμα κατά τη παρασκευή και συσκευασία των προϊόντων.
Οι μικροβιολογικές αναλύσεις πραγματοποιούνται με την τεχνική pertrifilm (μέθοδος AOAC 991.14, εγκεκριμένη από επίσημους ευρωπαϊκούς και αμερικάνικους φορείς επικύρωσης μεθόδων)