Η θαλάσσια ερευνητική ομάδα του Αρχιπελάγους, παράλληλα με τις μελέτες της οικολογίας, βιοποικιλότητας και αφθονίας των θαλάσσιων ασπόνδυλων και φυκών του Αιγαίου, πραγματοποιεί και εργαστηριακές αναλύσεις για τον εντοπισμό και απομόνωση βιοδραστικών ουσιών σε θαλάσσια είδη, που θα μπορούσαν να έχουν φαρμακευτική ή βιοτεχνολογική χρήση.

Δραστικές χημικές ουσίες όπως τα αλκαλοειδή, που δίνουν στα σφουγγάρια και σε άλλα θαλάσσια ασπόνδυλα τους έντονους χρωματισμούς τους, μπορούν να έχουν μεγάλη αξία για τέτοιες εφαρμογές.

Τα δείγματα συλλέγονται κατά τη διάρκεια της υποβρύχιας βιολογικής χαρτογράφησης, ή κατά την καταγραφή της αλιευτικής παραγωγής (απορριπτόμενα είδη από δίχτυα ή παραγάδια). Έτσι πραγματοποιείται η επεξεργασία μεγάλου αριθμού θαλάσσιων ειδών, από διαφορετικές περιοχές, οικοτόπους και βάθη.

Οι αναλύσεις των ειδών πραγματοποιούνται στο Εργαστήριο του Αρχιπελάγους με την χρήση Χρωματογραφίας λεπτής στοιβάδος (TLC). Για κάθε είδος παράγεται ένα βασικό χημικό προφίλ, με στόχο την αναγνώριση εκείνων όπου έχουν ενδιαφέρουσες βιοδραστικές ουσίες. Έπειτα τα δείγματα αποστέλλονται για λεπτομερέστερες αναλύσεις στα εργαστήρια των συνεργαζόμενων με το Αρχιπέλαγος πανεπιστημίων.

Η έρευνα αυτή υλοποιείται σε στενή συνεργασία με το Εργαστήριο Φαρμακογνωσίας και Χημείας Φυσικών Προϊόντων, στο Τμήμα Φαρμακολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών, καθώς και με το Τμήμα Φαρμακολογίας του Πανεπιστημίου του Cardiff .